Khi trồng cây ngập mặn, điều quan trọng là phải phụ thuộc vào điều kiện tự nhiên của khu vực, vì một số loài cây ngập mặn có thể không sống được do những điều kiện tự nhiên tại khu vực đó không phù hợp - vì thế việc trồng những loài này sẽ không có kết quả.

Ví dụ: một số loài cây ngập mặn thích nước nông, một số khác thích nước sâu hơn. Một vài loài cây ngập mặn thích điều kiện dòng chảy êm dịu, trong khi một số khác có thể chịu được những điều kiện khắc nghiệt hơn. Một vài loài thích bùn mềm, trong khi một số lại ưa bùn chặt cứng. Một số loài lại ưa nước ngọt, trong khi những loài khác có thể chịu được nước rất mặn.

Chính vì vậy khi trồng cây ngập mặn, điều quan trọng là hiểu được điều kiện của khu vực và trồng loại cây thích hợp cho khu vực đó.